Para quem tem pressa, a resposta está ai: a migração de aplicações Kohana 2.x para 3.0 não será automática e exigirá revisão em alguns pontos do desenvolvimento, a começar que partimos de MVC para HMVC

Que raios é HMVC?

Não complique!
HMVC (Hierarchical Model View Controller) é um padrão de design novo, porém muito semelhante ao MVC que você já conhece, adicionado de uma hierarquia no design original do MVC. Quando uma requisição URI for solicitada, qualquer parte do MVC pode chamar outro item da hierarquia, o que permite o desenvolvedor uma maior flexibilidade e modularização do sistema que estiver utilizando. A vantagem é que se você quiser continuar com o padrão MVC, nada vai impedir você trabalhar desta forma.

Bootstrap

Quem me conhece sabe que eu odeio não gosto muito bootstrap do Zend Framework. O ZF é uma plataforma invejável tanto pela sua estabilidade como pelas suas características, porém montar arquivos de bootstrap decentes no ZF nunca foi sucesso pra mim. Sei lá, acho que fiquei mal acostumado com o Kohana onde eu ligo o carro e saido acelerando, e no ZF eu tinha que toda vez parafusar as 4 rodas e calibrar todos os pneus antes de sair rodando a aplicação :)

Voltando ao assunto, KO3 terá um bootstrap dedicado, porém você não vai precisar sair montando um do zero e sofrer horas para deixar ele funcionando: um bootstrap padrão que atende praticamente todas as aplicações já fará parte do pacote, somente o tunning da aplicação ficará por sua conta, como você já fazia no Kohana 2.x

Arquivos de Configurações

Boa parte dos arquivos do diretório application/config e suas diretivas também foram movidas para o arquivo de bootstrap. Quem já teve contato com Zend Framework estará bem familiarizado com esta mudança.

Controllers viraram Classes

Os controllers que estavam em /application/controllers vão para /application/classes/controllers.
Libraries e Helpers seguem o mesmo padrão e são todos classes agora, tudo fica mais organizado e OO.

Estrutura de diretórios e autoloading do KO3 também mudou: Uma nova convenção de arquivos foi desenvolvida de forma que simplifica a identificação e localização de classes. Todas as classes fazem uso do sublinhado (_). A estrutura de nomes é separada, como anteriormente, mas você vai notar uma diferença no formato.

Teste_Controller agora será Controller_Teste (/application/classes/controller/teste.php)
Kohana_Session_Cookie corresponde a /system/kohana/session/cookie.php

Ainda quero fazer alguns testes com o novo driver ORM, porém não me sobrou tempo ainda!
Acho que com o lançamento oficial da nova versão (que hoje está em RC3) posso publicar uma análise mais voltada ao ORM, que será exclusivamente baseado no PDO