Porém, quando vamos trabalhar com databases que não seguem estas convenções (o que pra mim é algo muito comum) ou que já atendem a outros sistemas tambéme e não podem ser modificadas, temos de configurar somente as excessões para que tudo continue funcionando perfeitamente.

Algumas destas convenções, e suas excessões:

Nomes de tabelas no plural

Nomes de tabelas devem estar no plural. Por padrão o ORM obtém o nome da tabela e determina seu plural com ajuda do helper inflector.
Convenção: Ex: users, invoices.
Excessão: Declarar a propriedade table_name

protected $table_name = 'usuarios';

Models no singular

Enquanto pela convenção as tabelas no banco devem ter seu nome no plural, o nome do arquivo e do model deve ser no singular.
Convenção: NomedaTabela seguido de _Model

class User_Model extends ORM {}

Autoincrement

Toda tabela deve ter um campo autoincrement + primary key chamado id
Excessão: No model, declarar a propriedade primary_key

protected $primary_key = 'meucampoid';

Foreign Keys

Chaves estrangeiras devem ser nomeadas no banco de dados como nomeDoModel seguido de _id
Exemplo: invoice_id, user_id
Excessão: No exemplo abaixo, a tabela invoices esteja relacionada a users, porém na tabela invoices a chave estrangeira chame-se user_fk (que não segue o padrão sugerido)

Relacionamento entre Users e Invoices

No model Invoice_Model, declare a propriedade foreign_key

class Invoice_Model extends ORM {
    protected $foreign_key = array('user' => 'user_fk');
}

Tabelas Pivôs

Tabelas pivôs devem ser nomeadas pelos nomes das tabelas pais na ordem alfabética (legal e organizado não?), nesta forma tabela1_tabela2. Vamos usar como exemplo o relacionamento de muitos-para-muitos entre a tabela users e as tabelas de functions, tabela de junção deve ser nomeada no banco como functions_users

Simples, não? É Kohana!
E é por isso que eu gosto.

Para quem tem pressa, a resposta está ai: a migração de aplicações Kohana 2.x para 3.0 não será automática e exigirá revisão em alguns pontos do desenvolvimento, a começar que partimos de MVC para HMVC

Que raios é HMVC?

Não complique!
HMVC (Hierarchical Model View Controller) é um padrão de design novo, porém muito semelhante ao MVC que você já conhece, adicionado de uma hierarquia no design original do MVC. Quando uma requisição URI for solicitada, qualquer parte do MVC pode chamar outro item da hierarquia, o que permite o desenvolvedor uma maior flexibilidade e modularização do sistema que estiver utilizando. A vantagem é que se você quiser continuar com o padrão MVC, nada vai impedir você trabalhar desta forma.

Bootstrap

Quem me conhece sabe que eu odeio não gosto muito bootstrap do Zend Framework. O ZF é uma plataforma invejável tanto pela sua estabilidade como pelas suas características, porém montar arquivos de bootstrap decentes no ZF nunca foi sucesso pra mim. Sei lá, acho que fiquei mal acostumado com o Kohana onde eu ligo o carro e saido acelerando, e no ZF eu tinha que toda vez parafusar as 4 rodas e calibrar todos os pneus antes de sair rodando a aplicação :)

Voltando ao assunto, KO3 terá um bootstrap dedicado, porém você não vai precisar sair montando um do zero e sofrer horas para deixar ele funcionando: um bootstrap padrão que atende praticamente todas as aplicações já fará parte do pacote, somente o tunning da aplicação ficará por sua conta, como você já fazia no Kohana 2.x

Arquivos de Configurações

Boa parte dos arquivos do diretório application/config e suas diretivas também foram movidas para o arquivo de bootstrap. Quem já teve contato com Zend Framework estará bem familiarizado com esta mudança.

Controllers viraram Classes

Os controllers que estavam em /application/controllers vão para /application/classes/controllers.
Libraries e Helpers seguem o mesmo padrão e são todos classes agora, tudo fica mais organizado e OO.

Estrutura de diretórios e autoloading do KO3 também mudou: Uma nova convenção de arquivos foi desenvolvida de forma que simplifica a identificação e localização de classes. Todas as classes fazem uso do sublinhado (_). A estrutura de nomes é separada, como anteriormente, mas você vai notar uma diferença no formato.

Teste_Controller agora será Controller_Teste (/application/classes/controller/teste.php)
Kohana_Session_Cookie corresponde a /system/kohana/session/cookie.php

Ainda quero fazer alguns testes com o novo driver ORM, porém não me sobrou tempo ainda!
Acho que com o lançamento oficial da nova versão (que hoje está em RC3) posso publicar uma análise mais voltada ao ORM, que será exclusivamente baseado no PDO